实验中心实行相对独立的校院两级管理机制。学校教务处对实验中心教学建设与改革进行宏观指导和管理，学校国有资产处对实验中心设备建设进行宏观管理与指导，土木工程学院具体落实实验中心各项建设与管理工作。实验中心采取主任负责制，全面负责实验中心的总体建设规划。设一名常务副主任，负责实验中心设备条件建设、教学运行管理和教学资源的统筹调配等工作，另设7名实验室主任，分别负责各实验室的建设与管理。每个实验室都设有专职实验技术人员，负责本实验室日常设备的维护与管理、实验教学任务落实、实验准备以及实验指导等工作。为了保证实验教学质量，实验中心采取主讲教师与实验技术人员共同参与实验教学建设与指导。实践教学体系与内容建设由实验中心主任会同各专业建设负责人，根据专业培养计划要求进行全面系统的设计，组织课程负责人具体对实验教学内容、实验教学方法和实验教学模式等进行建设和改革。目前实验中心年接纳学生实验7-8万人时左右，各类仪器设备资源利用率80%实验中心以实现科学化、规范化和制度化的管理为目标，制订一系列的实验室管理制度和实验中心主任岗位职责以及实验技术人员岗位职责，并在人员、仪器设备、实验设施、教学任务安排等方面实行集中管理，统一调配，使实验教学资源和实验场地得到充分的利用，从而实现了资源共享和实验室开放的良好局面。

中心积极将开展网络教学、实验室信息化及网络化建设工作，使学生能够通过网络来了解实验课程的内容和要求等，能够通过网络学习实验教学课件。同时，能够通过实验教学中心网络访问相关课程的教学资源，促进理论与实践教学的结合。